In der Präventivmedizin
Es ist wichtig, bereits kleine Störungen zu eruieren und zu beheben, bevor grosse Probleme auftreten. Besonders im Hochleistungssport ist das ein wichtiger Faktor (auch wirtschaftlich gesehen). Genauso in der Zucht: nur ein wirklich gesundes Tier kann gesunde und gut entwickelte Nachkommen auf die Welt bringen.

Die Erkenntnisse der funktionellen Anatomie und Biomechanik sollen in die Ausbildung und das Training von jedem Tier einfliessen.

Bei muskulären Problemen
Muskuläre Probleme sind ein sehr grosses und wichtiges Einsatzgebiet. Die Physiotherapie bietet dafür viele Therapie-möglichkeiten. Oft entstehen Probleme des Tieres in der Muskulatur. Diese Störungen können sich weiter entwickeln und zu Sehnenverletzungen oder sonstigen gravierenden Pathologien führen.

Beispiel: Myopathien chronisch / akut; Trigger- / Stresspunkte; allgemeine Verspannungen

Bei Fehl- und Überbelastungen
Das Tier ist eine funktionelle Einheit. Bereits eine Beeinträchtigung der Balance wie Einseitigkeit, Diagonalität und Fehlstellungen/Fehlbelastungen führt zu weiterlaufenden Problemen, die sich schnell zu eigenständigen Störungen entwickeln können.

Bei degenerativen Erkrankungen
Die Physiotherapie kann eine degenerative Veränderung eines Gelenkes nicht beheben. Sie kann sich um die sekundären Probleme kümmern und so die Lebensqualität des Tieres deutlich verbessern:

Fehl- und Überbelastungen des betroffenen Gelenkes und seiner umliegenden Strukturen beheben; Management des Tieres optimieren mit einem Bewegungsplan und aktiven therapeutischen Übungen.

Nach Unfall oder Verletzung
Für die funktionelle Einheit Tier ist es wichtig, nach einem Trauma so schnell wie möglich wieder seinen ganzen Körper im Gleichgewicht benutzen zu können. Je länger eine Einschränkung besteht, desto eher ergibt sich ein Kompensationsmechanismus, der zu Über- und Fehlbelastung führen kann und so zu sekundären Problemen. Diese können oft schwerwiegendere Folgen haben als das primäre Problem. Allgemein werden Kompensationsmuster schnell als normales Bewegungsmuster angenommen.

Vor und nach Operationen
Je umfassender ein Tier und sein Körper für eine Operation vorbereitet sind, desto besser, schneller und einfacher ist die Erholung danach. Bereits vor einer Operation soll darauf geachtet werden, dass die Gelenke möglichst optimal beweglich sind, die Muskulatur auftrainiert und der Kreislauf gestärkt ist. Nach der Operation sollte sobald als möglich wieder eine optimale Bewegungsfunktion erreicht werden.

In Form eines Rehabilitationsprogrammes
Jeder passiven Behandlung sollte eine aktive Therapie folgen. Die durch manuelle Therapie wiedergewonnene Beweglichkeit wird mit Hilfe von individuell angepassten Übungen gefestigt (Koordination, Kraft, Ausdauer), in den physiologischen Bewegungsablauf integriert und im Alltag geübt. Das Ziel ist eine Normalisierung des Bewegungsverhaltens um Schmerzen zu vermindern/ zu verhindern.

Beim alternden Tier
Mit der Entwicklung der Veterinärmedizin und der Bereitschaft der Besitzer, Geld in den Partner Tier zu investieren, steigt die Lebenserwartung der Tiere. Wichtig ist, dass ein alterndes Tier eine möglichst hohe Lebensqualität hat. Die Physiotherapie kann dabei helfen indem sie das Bewegungsmanagement, die Betreuung und das Handling von altersbedingten Problemen zusammen mit dem Besitzer individuell analysiert und definiert. Oft entsteht eine langjährige sporadische Betreuung durch die Tierphysiotherapeutin.

Bei Problemen der inneren Organe
Alle Körpersysteme beeinflussen sich gegenseitig. So kann ein internistisches Problem wie  z.B. ein Atmungsproblem zu einer Störung am Bewegungsapparat führen. Die Tierphysiotherapie kann die Therapie des Organsystems über den Bewegungsapparat unterstützen und zu einer Verbesserung der Krankheitssituation beitragen.